Tuğrul ve Çağrı Beyler zamanında Anadolu’ya bazı seferler yapılmış, fakat asıl mücadele Alp Arslan zamanında başlamıştır. Alp Arslan ilk önce Azerbaycan ve Eran bölgesindeki Bizans’a bağlı Ermeni, Gürcü ve Ahbaz hükümdarlarını yendi. Tiflis, Ani, Kars gibi önemli yerleri ele geçirdi. Böylece Orta Anadolu’ya yapılacak akınlara yol açılmış oldu.
Türkleri Anadolu’dan söküp atmak üzere R. Diojen komutasındaki büyük bir Bizans ordusu 26 Ağustos 1071 günü Malazgirt’te bozguna uğratıldı, ele geçen esirler arasında Romen Diojen de vardı.
Alparslan esir imparatora çok iyi davrandı. Ona bir misafir muamelesi yaptı. Yapılan antlaşma neticesinde R. Diojen, kendisi için 100 bin, Bizans için ise yılda 360 bin dinar vergi vermeyi, Antakya, Urfa, Membic, Ahlat ve Malazgirt beldelerini Selçuklulara vermeyi kabul etmiştir.
“Sultanla yaptığı anlaşmadan sonra Bizans’a dönmek üzere yola çıkan Diogenes yolda iken tahttan indirilmiş ve yerine Mihael Dukas geçmiştir. Diogenes Mihael’in orduları tarafından Sivas ve Adana’da mağlup edildi. Yakalanıp gözleri oyuldu ve kapatıldığı manastırda ızdırap içinde öldü. Böylece anlaşmayı tatbik güçleşti.”(Kafesoğlu,1992,s.269)
Durumu haber alan Alparslan hiddetlenmiş ve Rumlarla yapılan barışın sona erdiğini belirtip, “Bundan böyle Arslan yavruları olunuz, yeryüzünde gece-gündüz kartal gibi uçunuz ve Rumlara merhamet etmeyiniz” (Turan,1993, s. 189) deyip Anadolu’nun tamâmen fethini ilân ediyordu.
Bizans ordusu Malazgirt’te imha edildiği için bütün Türkler Anadolu’ya boşalmakta ve her taraf Oğuz boyları ile dolmakta idi. Bu büyük insan dalgaları kaynaklarda çok güzel tasvir edilmiştir. Anonim bir Bizans kroniği:
“Kara ve deniz dünya sanki kâfir Türkler tarafından işgal edildi ve ıssızlaştırıldı. Onlar şarkta (Anadolu’nun) bütün köylerini istila ve yağma ettiler” der. Diğer bir Rum müellifi de “Türkler Anadolu’ya eskisi gibi yağmacı olarak değil, işgal ettikleri yerlerin hakiki sahibi sıfatı ile geliyorlardı” (Turan,1993, s:205) diyerek Anadolu’ya akın akın gelen Türk göçleri hakkında güzel bilgiler vermektedir.
Malazgirt zaferi, Türk-İslâm ve dünya siyasi tarihi açısından çok önemli sonuçları olan bir zaferdir. Bu zaferle birlikte Anadolu’nun ve Avrupa’nın kapıları tâ Viyana’ya kadar Türklere açılacaktır.
Malazgirt zaferinden sonra 1176 yılında II. Kılıç Arslan tarafından Afyonkarahisar’ın Çay ilçesi Karamık köyü civarında kazanılan Karamıkbeli/Miryokefalon zaferinden sonra artık Avrupa da bile Anadolu’ya Türkiye denmeye başlanmıştır.
Malazgirt zaferinden sonra Anadolu’nun kadınlaşmış halkı ve Rumlar Türklerin önünden kaçıyor ve onların boşalttığı yerler Türkler tarafından dolduruluyordu. Süryani Mihael’in de belirttiği gibi, Bizans İmparatoru Mihael’i korku aldı, korkak ve kadınlaşmış danışmanlarının sözlerine kanarak sarayından çıkıp Türklere karşı sefere çıkmadı. Hıristiyanlara acıyarak adamlar gönderdi ve Kayseri, Sivas ve Amasya’da kalan halkın geride kalanlarını, eşyalarını arlara ve arabalara bindirerek, balkanlara nakletti. Böylece ahalisiz kalan bu bölgelerde Türklerin yerleşmesine hizmet etti. Gürcü ve Ermeni kaynaklara göre ise “Türkler sanki dünyanın her tarafından Anadolu için randevu vermişlerdi.” Aynı kaynaklar “Türklerin kudreti dolayısıyla Rumlar şarktaki bütün şehir ve kaleleri bırakıp gidiyor, bu bölgeleri Türklere terk ediyor, onların buralara yerleşmelerine imkân veriyor…”(Turan, 1993, s:205) görüşlerine yer veriyordu.
Türkler artık Marmara denizine kadar dayanmışlardı. Süleyman Şah’ın 1075’te Anadolu Selçuklu devletini kurmasından sonra, Türkler boğazlara kadar hâkim olmuşlar ve boğazlardan gelip geçen gemilerden vergi alıyorlardı.
Hattâ Anadolu’nun fethi sırasında Malatya dolaylarında faaliyet gösteren Oğuz Çavuldur boyundan olduğu sanılan Çakan (Bizans kayıtlarında, Tzakhas) İstanbul’da uzunca bir müddet kaldıktan sonra 1081’de İzmir’e gelerek bir beylik kurmuştur. Bizans imparatorluğunun zayıf noktalarını iyi bilen Çaka, Foça ve civarını aldıktan sonra 40 parçalık bir donanma kurdu. Ege denizinde Sakız, Midilli, Sisam, Rodos adalarını zapt etti ve Çanakkale’ye doğru ilerledi. Üzerine gönderilen Bizans donanmasını birkaç kere mağlup etti. İstanbul’u ele geçirip imparator olmak istiyordu. Kara kuvveti kâfi gelmediği için Balkanlar üzerinden Trakya’ya doğru ilerleyen soydaşı Peçenek Türkleri ile iş birliği yaptı. Onlar karadan İstanbul’u baskı altına alırken Çaka Bey de denizden hücuma geçecek ve Bizans başkenti düşürülecekti. Fakat plan başarıya ulaşamadı. Çünkü imparator Aleksios Komnenos, Tuna boylarındaki Kuman Türkleri’ni Peçenekler üzerine saldırtmış ve aralarında cereyan eden, Meriç kıyısındaki Leboinum Savaşı (29 Nisan 1091)’nda Peçenekler ağır bir mağlubiyete uğramışlardı. Bizans, İzmir Beyi Çaka ise Selçuklu Sultanı 1. Kılıç Arslan tarafından ortadan kaldırıldı. (1097) (Kafesoğlu, 1992, T.D.E.K. s:295, Augoste Baılly, Bizans Tarihi, 2. cilt, s.315, Tercüman 1001 Temel Eser:47, Tercüme Haluk Şaman)