Tarihi olayları vesikalara dayanarak incelemeden hüküm verenler, Yavuz Sultan Selim’in Anadolu’daki devlete isyan eden Kızılbaşların idam veya hapsolunmalarını sebepsiz bulur ve Sultan Selim’e hücum ederler. Anadolu’da vuku bulan bütün menfi faaliyetlerin başı olan Şah İsmail’in üzerine giderken, bu büyük tehlikeyi bertaraf etmek istemesi, onun ne kadar isabetli hareket ettiğini, onun büyük bir siyasi lider ve askerî deha olduğunu açıkça ortaya koymaktadır.
II. Bayezid zamanında Safevi tehdidi giderek artmış, Anadolu’da Şah Kulu isyanı ile büyük bir huzursuzluk başlamıştı. Bunun içindir ki, Yavuz Sultan Selim, İran seferine çıkmadan önce, özellikle Orta-Anadolu’daki Kızılbaşlar hakkında çok ciddi ve titiz bir araştırma yaptırmış, suçlu olanları tespit ettirmiş ve onların cezalandırılması hususunda bir karar alınması için divan üyeleri toplamış, vezirlerin ve ulemanın da görüşünü aldıktan sonra, Anadolu’da birçok katliamlar yapmış ve devlete isyan etmiş olan Kızılbaşların uygulanan hukuk gereği olarak bir kısmını hapsettirmiş ve bir kısmını da yine ulemanın fetvasıyla idam ettirmiştir. Böylece İran seferinden önce içeride çıkması muhtemel isyanlar önlenmiştir.
Anadolu’da çıkan isyanlar sadece Alevi isyanları olmadığı gibi, genel olarak “heterodoks” (sapkın) denilen bütün tarikat ve gruplara “Alevi” demek de doğru değildir. Bunların bir kısmı ‘ibaha’ yani her şeyi mubah sayma yolunu tutarak din ve toplum kurallarına aldırış etmeyen, hatta onları alaya alan ve Fuat Köprülü’nün ifadesiyle; “
… Yüksek felsefi mülahazalara ve tecrübelere kabiliyeti olmayan cahil ve korkunç bir nihilizme ve immoralizme kapılmış, genellikle anti-sosyal ve anarşik tarikatlardır.” (Ocak, 2016, s. 62) Bunların arasında İnsanları diri diri yakan, kadın ve çocukları kılıçtan geçiren, yağma ve tecavüzlerde bulunan zümreler de görülmüştür. Devletin isyanları bastırmada ölçüyü kaçırıp aşırı sert davranmasında bu olaylara duyulan tepkinin de rolü olmuştur. (Kırkıncı;2010, Niçin İran Seferi)
İki devlet arasında geçen mücadelede 40 bin civarında Alevi Türkmen’in öldürüldüğü iddiaları abartılıdır. Tarihçi Akdağ bu konuda şöyle der:
“Şah İsmail’e bağlılıkları, sadece dini inanç olma çizgisini aşarak, para yardımı, asker olarak katılma, Kızılbaşlık propagandası yapmak ve Şah’a casusluk etmek gibi yollarla hizmet ettikleri sabit olanlar hakkında kovuşturma başladı; Yakalananlar suç derecesine göre ya yerlerinden sürülüyorlar (özellikle Rumeli tarafına) ya da hapis ve idam ediliyorlardı” (Akdağ, M. 1971, s.7)
Şunu da ifade edelim ki, Osmanlının tahrir defterinde ve bazı kaynaklarda otuz bin Kızılbaş’ın katlinin doğru olmadığı, Kızılbaşlardan devlete isyan edenlerden yakalanan ve idam edilen elebaşların sayısının beş yüzü geçmediği, geriye kalanların bazısının sürgün edildiği, bir kısmının da hapse atıldığı, bunların toplamının da üç bini geçmediği ifade edilmektedir (Kırkıncı,2010, Niçin İran Seferi).
Rakam ne olursa olsun ölüm olaylarının yaşandığı bir gerçektir. Nitekim aynı zulüm, hattâ daha şiddetlisi, İran’daki Sünnî Türkmenlere karşı Şah İsmail tarafından uygulanmıştır. Davit Morgan: “Safavi kuvvetleri İran’da bir baştan öbür başa yürürken, Sünnilere kılıç zoruyla Şiiliği dayatmış, bunu kabul etmek istemeyen Sünnilere karşı gaddarca davranılmış ve çoğu öldürülmüştür” demektedir (Tâha Akyol, Milliyet Gazete Pazar, 10 Mayıs 1998).
Tarihçi Faruk Sümer, devrin seyyah ve yazarlarına dayanarak verdiği bilgilerde Şah İsmail’in Tebriz’e girdiğinde Sünni İslâm âlimleri, kadınlar ve çocuklardan pek çok insan öldürdüğünü, savaş sırasında ve Tebriz’de öldürülen Sünnilerin sayısının 20 binden fazla olduğunu belirtir. Şah İsmail’in Sünni ve Türkmen Akkoyunlu oymağından 40-50 bin kişiyi kılıçtan geçirmiş ve zulmünden dolayı kendisini kınayan anasına kızarak onu da öldürtmüştür (T. Akyol, Milliyet Pazar, 10 Mayıs 1998).
Yavuz Sultan Selim büyük tehlikenin farkındaydı. Yavuz Sultan Selim, Şia Mezhebinin Şark’ı istila ederek, Osmanlı’nın geleceğini büyük bir tehlikeye sokacağını ve Ehl-i sünnet itikadına açacağı korkunç yaraların kapanmasının çok zor olacağını Allah’ın Lütfü ve şahsi dehasıyla iyi bildiği içindir ki, daha Trabzon valisi iken babası II. Bayezid’den habersiz olarak İran’a sefer düzenlemiş, ancak Şah İsmail’in II. Bayezid’den medet dilemesi üzerine istemeyerek bu seferden vazgeçmişti. Yavuz, yine o dönemde Safevi himayesinde bulunan Gürcistan’ı almış, Azerbaycan’a kadar ilerleyerek Akkoyunluların eski vilayetlerini ele geçirmiş, dağ keçilerinin bile geçemediği sarp Kafkas dağlarını aşarak Şavşadistan’ı Osmanlı topraklarına katmış, Erzincan kalesini geri almak için harekete geçen Şah İsmail’in kardeşi İbrahim Mirza’yı esir alıp Trabzon’a getirmişti. Yavuz’un bu kahramanlıklarını ifade eden; “Yürü Sultan Selim, devran senindir” türküsü halkın dillerinde dolaşmaya başlamıştır.
Yavuz Selim, Şah İsmail’in Anadolu’daki faaliyetlerini ve Şah Kulu hadisesini, devlete isyan eden bazı Kızılbaşların yapmış oldukları katliamları dikkatle takip ettiği için durumun ciddiyetini çok iyi biliyordu. Bazı şehzadelerin, Şah İsmail ile münasebetlerini ve kardeşi Şehzade Ahmed’in oğlu Murad’ın Şah İsmail’in hâlifesi elinden taç giymesi de meseleyi daha da vahim bir duruma getirmişti. Sultan Ahmed’in ve oğlu Murad’ın alevi kıyamının başına geçmeleri, Sivas, Çorum, Tokat ve havalisindeki faciaların artmasına sebep olmuştu. (Kırkıncı, M. 2010)